医療費控除はいくらが良い？損益分岐点やセルフメディケーション制度との比較も紹介

「医療費が10万円を超えたら申請できる」とは聞いたことがあっても、実際にいくら戻ってくるのかはわかりにくいものです。

この記事では、年収別の還付額シミュレーションを具体的な数字で解説しており、セルフメディケーション税制との比較も掲載しているので、どちらを使うべきか迷っている方は参考にしましょう。

医療費控除の申請を検討している方が最初に気になるのは「いくら払えば申請できるのか」という点です。

条件は所得によって異なるため、自分がどちらのルールに当てはまるかを確認することが大切です。

医療費控除の控除額は、次の計算式で求めます。

• 控除額 ＝ 年間の医療費合計 − 保険金などで補填された金額 − 10万円（※）

※総所得金額等が200万円未満の場合は「10万円」ではなく「総所得金額等の5%」が差し引かれます。

たとえば年収300万円（総所得約230万円）の方であれば10万円が基準ですが、パート収入などで総所得が200万円を下回る場合は、その5%（例：総所得180万円なら9万円）が基準額となります。

医療費控除は控除額に税率をかけた分が還付されるので、医療費が10万円をほんのわずかだけ超えた場合は、申告の手間と見合わないケースもあります。

国税庁データをもとにした損益分岐点（申請して実際に還付が発生し始めるライン）は以下のとおりです。

実際には所得控除の状況によって個人差があるので、10万円をわずかに超えた程度の場合は、次のシミュレーション表で還付額を確認したうえで判断するのがおすすめです。

医療費控除の還付額は「控除額 × 所得税率」で決まります。

所得税率は年収が高いほど大きくなるため、高所得の方ほど恩恵が大きくなる仕組みです。

還付額は「年間医療費 − 10万円）× 所得税率」で決まります。そして、所得税率（課税所得ベース）は以下のとおりです。

※還付額は住民税の軽減分（一律10%）も加算されます。

以下の表は所得税＋住民税の合計軽減額の目安です。

年収300万円では15万円の医療費でも5,000円程度ですが、年収1,000万円・医療費50万円では23万円程度戻ってくる計算になります。

年収別の税負担軽減率は年収300万円で約15.1%、年収1,000万円では約33.5%と、所得の高い方ほど軽減効果が大きくなります。

2017年から始まった「セルフメディケーション税制」は、医療費控除の特例として市販薬（スイッチOTC医薬品）の購入費用を控除できる制度です。

2つの制度は併用できないため、どちらが有利かを判断する必要があります。

医療費控除とセルフメディケーション制度の違いを比較すると以下のとおりです。

セルフメディケーション税制は控除下限が1万2,000円と低く、病院にほとんど行かず市販薬中心の方に向いています。

一方で控除上限が8万8,000円と低いため、医療費が多い場合は通常の医療費控除の方が有利です。

判断の基準としては「市販薬の年間購入額が1万2,000円以上で、かつ合計医療費が10万円に届かない場合」にセルフメディケーション税制を検討するのがシンプルです。

どちらも適用できる状況であれば、上の還付額早見表をもとに有利な方を選ぶようにしましょう。

申請できる医療費の範囲を把握しておくことで、申告漏れを防ぐことができます。

＜対象になる主な医療費＞

• 病院・歯科医院の診察費・治療費
• 処方箋による薬代
• 入院費（食事代を含む）
• 出産費用（異常分娩の場合など）
• 介護サービス費（一定のもの）
• 電車・バスなど公共交通機関の通院交通費
• 歯科矯正（子どもの歯列矯正など治療目的のもの）

＜対象にならないもの（よくある誤解）＞

• 予防接種・健康診断の費用
• 美容目的の歯科治療（ホワイトニングなど）
• 眼鏡・コンタクトレンズ（ただし斜視などの治療用は対象）
• 市販のビタミン剤・栄養ドリンク
• 自家用車での通院ガソリン代・駐車場代

医療費控除は年間医療費が10万円（所得200万円未満は所得の5%）を超えた分が控除対象
還付額は「控除額 × 所得税率」で決まり、年収が高いほど恩恵が大きい
セルフメディケーション税制との併用は不可。市販薬中心で10万円に届かない場合はセルフメディケーション税制が有利
還付申告は5年間さかのぼって申請できるため、過去の分を忘れずに確認を

本推計は、国税庁「所得税の税率（No.2260）」「医療費を支払ったとき（No.1120）」「給与所得控除（No.1410）」および総務省「個人住民税」の公的統計を基盤とし、給与所得者（保険補填なし）における医療費控除の経済的効果を定量的に示すための基礎資料として作成しました。

年収別の損益分岐点と税負担軽減額をあらかじめ可視化することで、確定申告の要否判断と家計の計画的な管理に資することを目的としています。

本データベースにおける推計は、以下のプロセスに基づき算出されています。

• 基礎データ： 国税庁・総務省公表の令和7年分最新統計資料（令和7年度税制改正反映済み）
  
• 推計変数： 年収別給与所得控除、基礎控除（合計所得別58〜95万円）、所得税率ブラケット、復興特別所得税（×1.021）、住民税率（10%）
• 算出対象： 年収300万〜1,000万円の給与所得者・保険補填なし・基礎控除のみ適用の単純化モデル

スライド1枚目出典：国税庁 No.2260・No.1120 | 所得税率×1.021（復興特別所得税込み）＋住民税10% | 推計値

スライド2枚目出典：国税庁 No.2260・No.1120 | 推計値

スライド3枚目出典：国税庁 No.1120・No.1129・No.1410 | 総務省 個人住民税

本推計は、統計上の平均値および傾向値に基づくものであり、個別の控除適用状況や居住地域、特定の医療機関の費用を保証するものではありません。

将来の税制改正や制度変更により、実際の控除額・税負担軽減額は変動する可能性があります。

本資料は医療費控除の検討における「目安」として利用されることを想定しており、特定の金融商品の購入を勧誘するものではありません。

本推計データおよびグラフ、図表を引用される際は、著作権法に基づき、必ず以下の出典明記をお願いいたします。

出典：マネーキャリア「医療費控除 損益分岐点シミュレーションデータベース（令和7年版）」